2001
2月軍人加入全民健保
2月1日通過加入73床急性健保床床位總計298床
3月加護病房增加8床，床位共計24床
4月增加洗腎病房11床，共計27床
6月燒傷病房升級為燒燙傷中心
擴充血液透析床11床
2002
3月1日國防法及國防部組織法施行，本院改隸屬為國防部軍醫局所屬，番號仍沿用國軍桃園總醫院
急性健保床由現行298床擴增為356床
11月完成精神科大樓整建工程
12月成立共同生物科技實驗室
2003
3月精神科慢性病房增加70床
5月配合SARS防治政策，組立戶外發燒篩檢站組合屋，集中收容，防止感染擴散
7月精神科慢性病房擴增為100床
完成擴大加護病房整建工程
8月加護病房擴增14床，由現有24床擴增為38床
92年SARS疫情發生期間，院長吳少白少將成立緊急應變小組，領導全院執行抗SARS，收療可能疑似SARS病患計33員，成效良好
2004
院長吳少白少將指導辦理93年度電子領（投）標作業，執行率達行政院規定比率，成效良好，獲國防部軍醫局敘獎
8月起，計增設直腸外科、胸腔外科、小兒外科，並派訓血液腫瘤科師，以為設置血液腫瘤科準備
2005
1月29日，國防部軍醫局局長陳宏一中將蒞院視察並致贈春節加菜金
2月5日，本院民診基金醫療裝備獲得「神經手術顯微鏡」等167件，國防預算醫療裝備獲得「電腦化眼振圖檢儀」等25件
2月23日成立心臟血管外科，執行開心手術18例，全數健康出院且無併發症產生，成功率100%
5月17日，聯勤第三地區支援指揮部衛生群實施大量傷患演練，本願配合實施相關演練
6月6日首開國軍醫院先例，成立醫學美容中心，提供軍民優質之美容選擇
7月10日，桃園縣政府衛生局訪查本院護理之家及居家護理等業務，本院護理之家及居家護理榮獲優等
8月10日，行政院衛生署公告本院為外科專科醫師合格訓練之醫院
2006
接收國軍新竹醫院相關作業，刻依計畫順利進行中
1月28日，院長趙遲少將慰問春節院內留守值班官士兵及醫護人員，並當場致贈紅包
1月29日，國防部軍醫局局長陳宏一中將蒞院視察並致贈春節加菜金
5月15日，本院醫學實驗是通過TAF ISO-15189實驗室認證
6月1日，財團法人醫院評鑑醫療品質策進會蒞院實施「95年度新制醫院評鑑及教學醫院評鑑」作業，由院長趙遲少將率各評鑑小組主管及業管承參陪同受檢，檢查結果均合格
7月6日，桃園縣政府衛生局訪查本院護理之家及居家護理等業務，本院護理之家及居家護理榮獲95年度優等
8月3日，台灣家庭醫學學會蒞院實施評鑑，由副院長黃毓龍上校率相關科部主管參與督訪會議及相關程序，訪查結果良好
2007
6月27日，國防部研究發展考核委員會副主任董劍成少將及國防部軍醫局副局長范保羅少將、醫務計畫處處長孫卓卿少將蒞院實施行政院服務品質獎預檢，院長趙遲少將率相關科部主管參與預檢會議及相關程序，訪查結果良好
6月28日行政院研考會服務品質評鑑，院長趙遲少將率相關主官(管)陪同
7月1日96年度院長趙遲主持授階典禮
7月10日，桃園縣政府衛生局訪查本院護理之家及居家護理各項業務，副院長黃毓龍上校率相關科部主管參與督訪會議及相關程序，訪查結果良好，本院護理之家及居家護理榮獲優等
7月24日，桃園縣政府衛生局蒞院實施醫院督考作業，由副院長黃毓龍上校率相關科部主管參與督訪會議及相關程序，督考結果本院無重大缺失均符合規定
8月3日，台灣家庭醫學學會蒞院實施評鑑，由副院長黃毓龍上校率相關科部主管參與督訪會議及相關程序，訪查結果良好
11月19日，由院長趙遲少將主持心導管室啟用典禮
11月19日，由院長趙遲少將主持1樓復健科新址啟用典禮
2008
1月10日，眼科協會張龍昌主任蒞院實施台灣地區醫院牙科評鑑實地訪查即視導作業，副院長黃毓龍上校率相關科部主管參與督訪會議及相關程序，訪查結果良好，評鑑要求項目均獲通過
1月14日，院長趙遲少將主持洗腎室啟用典禮
5月6日，財團法人醫院評鑑暨醫療品質策進會由總召集人劉秋松先生蒞院實地訪查，院長何裕鈞上校率醫療部主任胡非力上校及醫療部單位主管等28員同受訪，訪查結果為合格
2009
3月5日，召開「98年評鑑核心價值會議」，由院長何裕鈞少將主持，會中院長將本院宗旨、願景、目標等方向實施建言並與與會同仁共同研討
4月2日，召開評鑑精神標語（宗旨、願景、目標）設計簡報，由院長何裕鈞少將主持
5月20日，於台北科技大樓603室由工業技術研究院量測技術發展中心張啟生博士主持「98年度體細胞治療人體試驗計畫細胞處理實驗室GTP訪查說明會」，本院推派共同實驗室組長石麗珍小姐與會
5月21日，召開「H1N1新型流感防疫」提升緊急會議，由院長何裕鈞少將主持，會中就本次疫情提升提出報告，並就相關防疫措施事宜持續提出因應措施
7月7日，財團法人醫院評鑑暨醫療品質策進會主辦「台灣醫療品質指標計畫（TQIP）品質尖兵營」，本院推派企畫管理室主任梁植池上校、家庭醫學科主任柯朝元中校及醫勤組專員徐台玲小姐與會
7月10日，家庭牙醫學會至本院實施「家庭牙醫專科醫師訓練機構」認定訪視，由召集人季麟揚委員率隊蒞院實施訪查，副院長諶立中上校率牙科部主任遲玉堃上校及相關業務承參陪檢，訪查結果良好
8月20日，財團法人醫院評鑑暨醫療品質策進會召集委員張國頌先生及揚友任先生等9員率隊蒞院實施「新制醫院評鑑暨教學醫院評鑑」，由院長何裕鈞少將率相關業務主管及業務承參陪檢，訪查結果良好
2010
1月29日，國防部軍醫局局長范保羅中將主持「醫院高階經營管理研討會」，邀請中央健康保險局局長鄭手下先生以「談現行健保制度及未來健保的管理制度」為題發表演講，本院推派院長何裕鈞少將率隊與會
2月3日，院長何裕鈞少將主持「櫻花祭」開幕活動，邀請龍潭鄉鄉長葉發海先生、縣議員閻中傑先生、大溪鎮鎮代表主席黃睿松先生及立法委員朱鳳芝女士、孫大千先生等貴賓蒞院同慶
5月25日，國防部軍醫局局長范保羅中將主持「監察委員視導國軍醫院預報會議」，本院院長何裕鈞少校率隊與會
5月28日，空軍常務次長林中將主持「漢光26號實兵演練軍醫檢討會」，院長何裕鈞少將與會
6月18日，監察委員黃煌雄先生率隊蒞院視導，國防部長高華柱先生、國防部軍醫局局長范保羅中將及本院院長何裕鈞少將率相關科部主任，參與會議與相關程序訪查，訪查成效良好
7月12日，國軍後備907呂新兵於國道3號苗栗竹南路段南下119.3公里處發生遊覽車翻覆事件，院長何裕鈞少將率隊提供現場新兵相關醫療照護服務，並依傷情轉送至各國軍醫院進行後續醫療照護
12月21日，院長吳怡昌少將主持「9、10病房整建完工揭牌啟用典禮」
2011
8月9日，桃園縣政府衛生局醫政科督導邱佩青小姐率衛生局訪查人員計6員蒞院，實施「101年度居家護理督考訪查作業」，醫療部主任張俊梁上校率本院相關承辦人員陪同受檢，督考結果本院無重大缺失均符合規定
2012
8月15日，台大醫院張桂英小姐等2員擔任台灣婦產醫學會評核委員蒞院，辦理「台灣婦產醫學會實施101年母嬰親善認證作業」，副院長程文祺上校率相關同仁陪同受檢，督考結果本院無重大缺失均符合規定
9月6日，醫策會醫院評鑑總召集委員張瑛小姐率各委員計10員，列席觀察人員醫事團體代表黃裕達先生等6員蒞院實施為期2天之「101年醫院評鑑暨教學醫院評鑑」，國防部軍醫局副局長朱紀洪少將蒞院指導本院評鑑作業，院長吳怡昌少將率本院相關同仁陪同受檢，評鑑結果本院良好無重大缺失，均符合規定
10月4日，財團法人醫院評鑑暨醫療品質策進會總召集委員，台北醫學大學附設醫院副院長翁仁崇先生帥各委員計4員蒞院，實施本院「101年度醫院緊急醫療能力分級實地評定」院長吳怡昌少將率相關科部主管參與，實地訪查結果本院良好無重大缺失，均符合規定
